Abundan los restos prehistóricos que dan fe de la antigüidad de los asentamientos humanos en estas tierras. De hecho el topónimo 'Carnota' se considera procedente de la voz precelta carn o corn, que significa 'piedra o lugar abundante en pedregales'; que, atendiendo al paisaje de la zona, es fácil entender el porqué del nombre. También tenemos significativas muestras de la etapa celta a través de los castros de Mallou y Lira.
En la Edad Media, las tierras carnotanas pertencieron a los condes de Trastámara y Lemos, formando parte del antigüo condado de Cornatum. Las revueltas irmandiñas del año 1467 destruyeron sus fortalezas, de las que hoy a penas quedan restos.

La actual villa de Carnota surgió alredor del siglo XVII, viéndose envuelta en el año 1809 en otro episodio violento: el saqueo dem las tropas de Napoleón, que arrasaron el lugar. Quedó destruida la casa rectoral y se perdió el archivo parroquial de Santa Comba. Las esforzadas gentes carnotanas se recuperaron nuevamente de los reveses de la historia, alcanzando Carnota el título de villa en el año 1900.